Как говорили другие, столкновение MD5 гипотетически возможно, но крайне неправдоподобно (1 из 2 ^ 128 - это только 1 из 340,282,366,920,997,463,768,211,456), и у вас, скорее всего, есть ошибка копирования файлов.
Я бы рекомендовал выполнить побайтное сравнение двух файлов, используя один из многих методов, описанных здесь: https://superuser.com/questions/125376/how-do-i-compare-binary-files- in-linux.
Или просто diff file1 file2 - и если вы не получите сообщение «Двоичные файлы file1 и file2 differ», файлы будут одинаковыми.