Проблема в том, что java -version, похоже, не записывает в stdout
rhand@server:/tmp$ /usr/bin/java -version > t.log
java version "1.6.0_20"
OpenJDK Runtime Environment (IcedTea6 1.9.13) (6b20-1.9.13-0ubuntu1~10.04.1)
OpenJDK Client VM (build 19.0-b09, mixed mode, sharing)
. Решение заключается в использовании этой команды:
/usr/bin/java -version 2> /tmp/j.log