Я не пробовал с теми же версиями, что и вы, но на основе моего опыта:
Да, просто установите их в разные каталоги. Я не уверен, что вы имеете в виду с «box» (toolbox?), Но основная проблема, которую я вижу, заключается в том, что она использует много места на жестком диске - это не проблема, если у вас есть свободное место. Нет, просто выполните две полные установки и укажите разные папки назначения.Затем вы можете создавать псевдонимы (matlab2016a и matlab2016b или все, что захотите), которые будут запускать исполняемые файлы из их соответствующих местоположений.