Вы используете режим двойного просмотра? Если нет, и вы находитесь в режиме «нескольких серверов x», вы не можете перемещать окна между «экранами», потому что представляют собой несколько отдельных X-серверов, которые используют одну и ту же клавиатуру и мышь.
Это ограничение того, как X работает и не может быть исправлено.