Вы можете получить доступ к удаленным файлам, как если бы они были на вашем компьютере с SSHFS. Установите пакет sshfs (sudo apt-get install sshfs). Убедитесь, что вы находитесь в группе fuse (см. Страницу SSHFS в вики Ubuntu). Run
mkdir ~/server
sshfs mylogin@server: ~/server
cd ~/server/docs/stuff
pdflatex mypaper.tex
evince mypaper.pdf
Файлы под ~/server являются файлами удаленного компьютера, и вы можете работать со всеми вашими приложениями на локальном компьютере.