Сделать приложение UDP пройти через прокси?

Вы уже получили отличные ответы. Просто добавьте в микс, вот подход Perl:

$ perl -ane '$i ? $k{$F[0]} && print : { $k{$F[0]}++ }; $i++ if eof' fileA fileB
seg1     one
seg2     two
seg3     three

И вариант ответа KasiyA в гольф:

$ awk 'NR==FNR ? a[$1] : $1 in a' fileA fileB 
seg1     one
seg2     two
seg3     three

И вот своеобразное запутанное решение grep:

$ grep -Ff <(grep -oP '^\S+' fileA) fileB
seg1     one
seg2     two
seg3     three