Чтобы написать сценарий пакетной обработки, который работает на bash

C является родным в Linux, поэтому вам не нужны дополнительные библиотеки. Вы просто компилируете (например, с помощью gcc) и запускаете свой вновь созданный файл. Смотрите: http://www.codecoffee.com/tipsforlinux/articles/18.html

Для java вам нужно использовать java -jar youJavaJar.jar для его выполнения. Я не думаю, что это можно скомпилировать для родного Linux.

Для вашей страницы руководства посмотрите: http://www.codecoffee.com/tipsforlinux/articles/18. HTML