Вы можете поместить ваш файл .jar в /usr/local/bin (/usr/bin для системных исполняемых файлов, см. Стандарт иерархии файловой системы), chmod a+x theFile.jar и введите theFile.jar для его запуска.
Так как Linux (Unix, BSD * и др.) не позволяют влиять на контролируемые пользователем имена файлов, вы можете mv /usr/local/bin/theFile.jar /usr/local/bin/theFile, а затем запустить его через theFile.