Удалить плагин eclipse из командной строки

SE Runtime означает, что вы используете Java Standard Edition, а не Enterprise Edition (AKA Servlets / JSP, которым нужен сервер приложений). Вы должны быть в порядке с тем, что вы установили прямо сейчас! Если вы хотите разрабатывать Java-программы, просто убедитесь, что в вашей системе установлен javac.

EDIT. Также убедитесь, что javac предоставляется java-6-sun, иначе вы, вероятно, используйте GNU-компилятор Java, который, похоже, не является тем, что вы хотите.