Как создать файл .deb только для копирования определенных значков и одного файла javascript в определенные места?

Когда вы открываете новый терминал, текущий рабочий каталог должен быть вашей домашней папкой.

nevon@loltop:~$ echo ${PWD}
/home/nevon

При этом, если это не относится к вам, я полагаю, вы могли бы добавить следующие в конец вашего .bashrc-файла:

cd /home/username