Этот однострочный файл будет деформировать все (официальные) файлы ваших установленных пакетов:
dpkg -l | grep ^ii | awk '{print $2}' | while read pkgname; do dpkg -L $pkgname; done | while read fname; do test -f "$fname" && echo $fname; done | tar zcf /path/to/backup.tar.gz -T-