Почему Системные настройки не запоминают мои настройки прокси?

Я могу быть совершенно неправ, но настройки прокси в Linux хранятся в переменной http_proxy. Если эта переменная установлена, программы будут использовать ее в качестве настроек.

Например, если кто-то экспортирует переменную:

   export http_proxy='http://username:password@proxy.address.com:8080'

и запускает любую программу, требующую сети, он должен пройти через прокси.

Хотя это точно не отвечает на ваш вопрос (хотя, если вы разместите эту строку в своем файле .bashrc у себя дома, это может стать решением вашей проблемы).

Полагаю, вам может понадобиться извлечь адрес / порт из pac-файла самостоятельно. Получите доступ к нему из браузера и используйте опцию «сохранить как».