Передача файлов с OS X на сервер Ubuntu, похоже, не копирует все данные

Ваша версия PPA, которая, скорее всего, похожа на официальную версию. См. Ниже, от Precise (Ubuntu 12.04):

$ dpkg --list ffmpeg ii ffmpeg 4:0.8.1-0ubuntu1 Multimedia player, server, encoder and transcoder (transitional package) $ apt-cache policy ffmpeg ffmpeg: Installed: 4:0.8.1-0ubuntu1 Candidate: 4:0.8.1-0ubuntu1 $ ffmpeg ffmpeg version 0.8.1-4:0.8.1-0ubuntu1, Copyright (c) 2000-2011 the Libav developers built on Mar 22 2012 05:09:06 with gcc 4.6.3 .....

Чтобы переустановить официальную версию по версии PPA, вы можете использовать скрипт ppa-purge (установите это сначала!), Или если у вас есть уже удалил PPA, используйте

sudo apt-get install ffmpeg=4:0.8.1-0ubuntu1

Возможно, вам придется бросить переключатель --reinstall там, если он терпит неудачу.