На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я обновил свой ubuntu до 12.10, и программа запуска постоянно отключена. Он не выскакивает, поэтому мой экран меньше и очень неудобен. Есть ли какие-то настройки, которые я могу изменить, чтобы он снова появлялся и исчезал? Спасибо
Полагаю, вы хотите, чтобы ваша программа запуска уклонялась от окон при максимизации: http://www.webupd8.org/2013/02/how-to-get-unity-launcher-window-dodge.html - эта ссылка объясняет, как.
Что касается простого прятания, на вопрос все время отвечали, см. Инструкции здесь: Невозможно использовать автоматическую панель запуска в 12.10
Наслаждайтесь Ubuntu! : D