Проверьте с помощью ls -A /home. Должна быть папка .ecryptfs, если у вас есть шифрование вашей домашней папки.
Добро пожаловать на сторону с открытым исходным кодом :)
Прежде всего вам нужно убедиться, что вы монтируете каталог /home на отдельном разделе. Таким образом, при повторной установке вы можете указать то же имя пользователя, что и в прошлый раз, и получите все правильно, то есть ваши данные полностью прекрасны. Вы получаете старые настройки, потому что они сохраняются в /home/username/.xyz с xyz, независимо от того, какая программа сохранила настройки. Однако вы можете просто удалить папку, которую вам не нравится. (Просто убедитесь, что вы не удаляете то, о чем не знаете.)
Во-вторых, посмотрите aptitude. Если вы устанавливаете программы с помощью aptitude, вы можете удалить его, и он хорошо справляется с очисткой.