Вы использовали двойной щелчок, и он спрашивал, хотите ли вы открыть его в текстовом редакторе или запустить в терминале. Теперь я должен сам открыть терминал и набрать соответствующую команду оболочки.
Наутилус> Предпочтения> Перейдите на вкладку «Поведение»> Каждый раз нажимайте переключатель рядом с вопросом. Это решит вашу проблему (убедитесь, что разрешения были предоставлены).
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences executable-text-activation ask