Существует довольно удобный инструмент оболочки, называемый утилитой rsnapshot - http://www.rsnapshot.org/ - файловой системы для создания резервных копий локальных и удаленных систем. который использует rsync и жесткие ссылки, что позволяет сохранить сразу несколько резервных копий полной файловой системы. Просто сделайте sudo apt-get install rsnapshot и проверьте info rsnapshot