Как я могу создать трехмерные модели молекул, такие как ссылка в теле?

Я предпочитаю VMD ( ссылка ). Вам нужно будет заполнить некоторую информацию о лицензии, чтобы загрузить ее, но ее графический интерфейс пользователя прост в использовании, и вы имеете максимальный контроль над всеми атомами и их свойствами.

Вам нужно будет загрузить координаты молекулы, а затем изменить представление.

(Если вы не хотите проходить весь процесс загрузки / установки, рассмотрите Rasmol - ссылку )