Вы можете использовать gpg для шифрования файлов с симметричным шифрованием (с использованием пароля). Вы можете расшифровать их на окнах, если вам нужно использовать pgp или gpg для окон.
Вы можете сделать это в командной строке следующим образом:
gpg -c blah.txt
плагин для nautilus, который позволяет шифровать и дешифровать файлы, однако он поддерживает только асимметричное шифрование (однако он будет расшифровывать симметричные), что не особенно полезно для шифрования файлов на том же жестком диске, что и ключи, которые хранятся IMO.
Если вы хотите использовать это так или иначе, это называется seahorse-nautilus, и он находится в репо.