как переместить определенные файлы на основе их расширений

Вы можете легко сделать это из одного каталога с помощью:

mv /path/to/original/directory/*.pdf /path/to/new/directory

Команда для рекурсивного перемещения может быть немного более сложной. Это должно сработать, хотя:

find /original/directory/ | grep '\.pdf' | xargs -I {} mv {} /path/to/new/directory/

Со второй командой /original/directory будет рекурсивно искать .pdf файлов.

почему бы и нет cp /path/to/dir/where/pdf/are/*.pdf /path/to/where/ever

Другой метод с использованием рекурсивных глобов (доступен в zsh и bash): mv /path/to/original/directory/**/*.pdf /path/to/new/directory/

Команда:

for file in { ls *. pdf} 
do
mv "$file" /destination /here 
done 

Итак, прежде чем сделать это, вы должны перейти в каталог, где у вас есть файлы.