Как удалить отдельные объекты Unity Webapps из индикатора сообщения?

Обычная работа - поместить ваши файлы .deb в /var/cache/apt/archives/. Затем любой apt-get install сначала будет искать файлы в этом кеше, а затем попытаться загрузить их, если их там нет.

Кроме того, вы можете dpkg -i *.deb установить все пакеты в текущем каталоге.