На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Приложения в Wine, которые я удаленные по-прежнему отображаются в меню приложений.
sudo apt-get install alacarte
После установки alt-F2 и введите alacarte для запуска, прокрутите вниз до «wine» с левой стороны, нажмите на программу, которую хотите удалить, и нажмите «delete».
Выйдите и снова войдите, и эти значки должны были исчезнуть.
Надеюсь, что помогает ..