Согласно вашему редактированию, возможно, область уведомлений была настолько мала, что она не может отобразить nmapplet внутри нее. Попробуйте разблокировать его и переместить его или добавить еще один значок на панель и посмотреть, появляется ли он.
Один из двух:
Либо
Запустите PHP как FastCGI, который может работать как другой пользователь, чем ваш веб-сервер. Установите расширение ssh для PHP (sudo apt-get install libssh2-php)