supermeatboy поддерживал как мои классические, так и 360 контроллеров на 12.04 из коробки - с классикой мне пришлось редактировать конфигурацию игры, чтобы получить кнопки, где я хотел, чтобы они были, но изменили их для контроллера 360 , Вы уверены, что ваш контроллер подключен / синхронизирован правильно?
Недавно я использовал PyUserInput для аналогичной задачи. Это действительно хорошо работает и не нуждается в компиляции.