У меня была такая же проблема на Xubuntu 12.04, в течение нескольких дней. Изменение сервера и снятие флажка с CD-ROM, указанное в предыдущих ответах, не помогло решить проблему.
Я открыл диспетчер пакетов Synaptic и нажал «Настройки> Репозитории». На вкладке Ubuntu появилось одно и то же окно CD-ROM и не было отмечено. На вкладке «Другое программное обеспечение» было добавлено полдюжины строк с CD-ROM. Я снял флажок, а затем удалил их всех. Закрыл это окно и нажал кнопку «Обновить» в главном окне. Это, похоже, решило проблему для меня, так как диспетчер обновлений теперь говорит: «Информация о пакете была только что обновлена» (раньше она была устаревшей на 10 дней и отказалась обновлять, когда у меня возникла проблема). Теперь нажатие кнопки «Проверить» в диспетчере обновлений завершается без жалоб на Precise cdrom.