Это решение сработало для меня: https://answers.launchpad.net/backintime/+question/90513
Моя конфигурация моей работы была сохранена под моим пользователем, а не root, потому что я использовал sudo backintime-gnome а не gksu backintime-gnome.
sudo не изменит домашнюю среду, которая вызывает проблемы:
$ sudo env | grep ^HOME
HOME=/home/user
$ gksu env | grep ^HOME
HOME=/root