Ну, в новой используется libs из /usr/local/lib (это обычное место для программного обеспечения, установленного пользователем). Это на самом деле хорошая вещь, основная идея состоит в том, чтобы не повредить пакеты, установленные менеджерами пакетов. Расположение libs обычно определяется в Makefile. Я рекомендую не прикасаться к этому, если вы не знаете, что делаете. Версия, скомпилированная вами, будет использовать libs из /usr/local/lib, другая версия, установленная из repo, будет использовать стандартное местоположение /usr/lib.