Это старый вопрос, но почему бы вам не попробовать HIP для Linux [1]. Вы можете запустить его вместе с демоном miredo [2] для поддержки обхода NAT. Binaries для Ubuntu доступны на сайте hipl.hiit.fi.
[1] http://www.linuxjournal.com/magazine/host-identity-protocol-linux
[2] http://www.linuxjournal.com/magazine/host-identity-protocol-linux