Как вставить команду в скрипт, расположенный на удаленном сервере?

Я не знаю, что вы имеете в виду, когда говорите единство и конкретные приложения, предназначенные для ubuntu.

Оба модуля Qt и GTK + предустановлены (я думаю) в ubuntu 12.04, поэтому программы в любой из них не будут иметь проблем.

Вы можете попробовать: создатель Qt или IDE Anjuta (оба доступны в программном центре ubuntu). Посмотрите, какой из них соответствует вашим потребностям. :