Когда я запускаю скрипт через графический интерфейс, например в Python я получаю диалог с просьбой подтвердить, что я хочу его запустить или отобразить. Есть ли способ, которым я могу установить, чтобы это не происходило, и запустить его прямо из клика?
Конечно, есть. Откройте Nautilus, затем нажмите «Правка» -> «Настройки». На вкладке «Поведение» выберите «Запускать исполняемые текстовые файлы при их открытии».