Вам нужно использовать опцию «threads», которая доступна для большинства кодировщиков / декодеров. Пример:
mencoder -noodml -o $OUTPUT \
-oac copy \
-ovc xvid \
-xvidencopts bitrate=1000:threads=2 \
$FILE
Поиск «потоков» на странице руководства: http://manpages.ubuntu.com/manpages/maverick/en/man1/mencoder.1.html