Как заставить работать дополнительные боковые кнопки на моем Intellimouse Explorer?

Зависит от того, что вы хотите с этим сделать, я думаю. По крайней мере, с Compiz и CCSM (Compiz Config Settings Manager) есть некоторые вещи, для которых вы можете использовать эти кнопки.