У меня установлен KDE в Ubuntu (не Kubuntu), и Наутилус начинает с него.
Но он должен запускаться только в GNOME или Unity:
$ grep OnlyShowIn /etc/xdg/autostart/nautilus-autostart.desktop
OnlyShowIn=GNOME;Unity;
Удаление Nautilus или сохранение сеанса KDE не вариант. Это не должно начинаться вообще.
Похоже, это была какая-то ошибка. Наутилус больше не запускается после перехода с -предложенного репозитория.