Основной риск, о котором я могу думать, заключается в том, что вы должны помнить, что синхронизация - это не то же самое, что резервное копирование. Любые ошибки будут синхронизированы со всеми вашими машинами.
Чтобы добавить отдельный файл в ваш ~/.bashrc, добавьте что-то вроде этого:
if [ -f ~/.foo ]; then
. ~/.foo
fi
Где ~ / .foo - это отдельный файл.