Отменить автоматическое сохранение второго внутреннего жесткого диска при загрузке

Как сказал @Lekensteyn, вы должны использовать эффективный идентификатор пользователя. Вам не нужно называть id -u в bash:

#!/bin/bash

if [[ $EUID -ne 0 ]]; then
   echo "You must be root to do this." 1>&2
   exit 100
fi

. Предложение @ geirha из комментариев использует арифметическую оценку:

#!/bin/bash

if (( EUID != 0 )); then
   echo "You must be root to do this." 1>&2
   exit 100
fi