До тех пор, пока Ubuntu One для Windows не будет реализовывать способ маркировки папок для синхронизации, вы можете попробовать создать Junctions (специальную ссылку) в папках, которые вы хотите синхронизировать.
Чтобы сделать это, не имея для использования командной строки Windows или отдельного инструментария Microsoft, найдите программу под названием Link Shell Extension (которая, похоже, работает в 32-разрядной и 64-разрядной Windows). После его установки вы можете просто щелкнуть правой кнопкой мыши и перетащить любую папку в свою папку Ubuntu One, а затем выберите Drop -> Junction.
Отдельные файлы также могут быть синхронизированы; единственное различие заключается в том, что вы выбрали Drop -> Hard Link после щелчка правой кнопкой мыши по перетаскиванию нужных файлов.
Надеюсь, это поможет!