На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я использую Ubuntu 11.10 и не хочу, чтобы nautilus вообще запускался. Раньше был способ убить его через gconf-editor. Есть ли у кого-нибудь секретный рецепт?
Спасибо
Вам необходимо установить gnome-tweak-tool , а затем в разделе «Рабочий стол» можно отключить «Управлять файловым менеджером на рабочем столе».