Настроить Fail2Ban с помощью скрипта bash

Если вы строите из исходного кода, у вас есть больше опций в том, что включено. Установка из apt-get просто устанавливает готовый пакет.

Что касается того, что лучше, это зависит от того, для чего вам это нужно. Мне никогда не приходилось компилироваться из источника, но я не делаю ничего очень обширного на своем ноутбуке ubuntu.