Раньше это было легко сделать с .gtkrc-2.0 в Ubuntu 11.04 и предыдущих выпусках. Я использую стороннюю тему (Elements), и мне она действительно нравится, но боковая панель Nautilus уродлива и темна, и я хочу, чтобы она немного лучше подходила к остальной теме.
Для этого вам нужно отредактировать темы css для темы GTK + 3. Вы можете использовать другие темы (на gnomelook.org есть много тем, на которые вы можете посмотреть).