Чтобы остановить gnome-keyring от запуска (разбитого) SSH-агента на Ubuntu 16.04:
mkdir ~/.config/upstart || true
echo manual > ~/.config/upstart/gnome-keyring-ssh.override
# This step can be done with the gnome-session-properties tool
mkdir ~/.config/autostart || true
cp /etc/xdg/autostart/gnome-keyring-ssh.desktop ~/.config/autostart
echo 'X-GNOME-Autostart-enabled=false' >> ~/.config/autostart/gnome-keyring-ssh.desktop