У меня есть дубликаты значков приложений в Dash, и я не знаю, как их решить.
Ну, все сводилось к простой заглавной букве, чтобы запутать Даш.
/usr/share/applications/docky.desktop
~/.local/share/applications/Docky.desktop
Удаление последней записи рабочего стола решило проблему.