Я сделал
sudo apt-get remove --purge
для нескольких пакетов, но, видимо, личные настройки остались. Есть ли команда или инструмент для их автоматического удаления?
Если вы имеете в виду папки в вашей домашней папке: Нет, менеджер пакетов никогда ничего не трогает в домашней папке пользователя.
Я не знаю ни одного инструмента, который бы помог вам очистить домашнюю папку от конфигурационных файлов, которые вам больше не нужны - но это звучит как хорошая идея.