Могу ли я запустить мои программы QT GUI после полного удаления единства рабочего стола?

Это возможно в Kubuntu. Вы можете выбирать между всеми виртуальными рабочими столами одинаковыми и разными настройками для каждого из них. Затем вы можете просто использовать виджет папки рабочего стола для каждого виртуального рабочего стола и каждый раз отображать отдельную папку.