Проблема с разрешениями после обновления

Примерно месяц назад я обновлялся с 10.04 до 10.10, проблема в том, что после процесса обновления программы, которые у меня были под полным контролем, больше не отвечают мне как обычному пользователю и работают нормально только при запуске их через терминал, использующий sudo.

Есть идеи, как это исправить? Программы, которые не работают нормально, это все программы, которые я установил перед обновлением дистрибутива.

Я использовал sudo update-manager -d для обновления между прочим.