Одна проблема, с которой я столкнулся, пытаясь получить apt-get для запуска по https, это то, что для параметра SslCert вы не можете использовать файл .pem, поскольку apt-get не сможет распознать это как допустимый формат для использования с подключением к ваш репозиторий. У меня есть сам подписанный .pem, который я использую для подключения к моему веб-серверу, и он находится в формате .pem, поэтому я попытался его использовать.
Решение состояло в том, чтобы просто разбить файл .pem на правильные файлы .crt и успешно подключиться .key и apt-get.
SslCert split ваш файл .pem в файл .pem и .key, и он будет работать.