Файловые системы, используемые Ubuntu, такие как ext2 и ext3, просто не нуждаются в дефрагментации, так как они не фрагментируют файлы таким же образом, как NTFS. Более подробная информация находится в ext3 - Википедия, свободная энциклопедия
Некоторые утверждают, что на самом деле это миф о том, что нам не нужна дефрагментация. Спорят, что она нам действительно нужна, но только после того, как файловая система будет достаточно заполнена (т.е. менее чем на ~10% свободного места). Для дефрагментации доступны инструменты -, такие как e2defrag.
Ext4 Howto - Ext4 Согласно этой статье ext4 дефрагментирует на лету, но они работают над инструментом дефрагментации. Я лично не думаю, что это необходимо, за исключением, может быть, файловых серверов, которые интенсивно используются.
Смотрите по этой ссылке. Она достаточно подробно объясняет, как файлы хранятся в Windows и в Linux, и почему файловые системы Linux обычно не нуждаются в дефрагментации.
Фрагментация - это продукт записи файлов в первые доступные открытые блоки на диске. Со временем, по мере создания и удаления файлов, открываются небольшие участки диска, что приводит к тому, что вновь записываемые файлы разбиваются на несколько таких открытий. Это может снизить производительность, хотя в прошлом это было гораздо большей проблемой для медленного оборудования и медленных дисков.
Файловая система по умолчанию в Ubuntu, ext4 (и до недавнего времени ext3) разработана для ограничения фрагментации файлов, насколько это возможно. При записи файлов она старается держать используемые блоки последовательными или близкими друг к другу. Это делает дефрагментацию фактически ненужной.