Если это правда, каковы случаи? Должны ли быть предприняты определенные шаги при работе с серверами при обновлении систем?
Как сказал @GabrielaGarcia в комментарии, это не должно вызывать каких-либо проблем. Эти пакеты не используются и не нужны, и могут быть удалены без каких-либо проблем.
Редактировать: Да, sudo apt autoremove
(или apt-get autoremove
) также автоматически удалит устаревшие пакеты, аналогично этому автоматическому запросу при обновлении.