Mothur.linux_64.zip содержит исполняемый файл, который уже скомпилирован. Вам не нужно его строить; вы можете просто запустить его. Если у вас есть cd ed в распакованном каталоге mothur, который содержит файл, который также называется mothur, вы можете просто запустить команду:
./mothur
Вы можете захотеть распаковать mothur (или переместите распакованный каталог), где бы вы ни захотели, а затем поместите символическую ссылку на исполняемый файл mothur где-нибудь в вашем PATH.
Если вы можете запустить программу, но то вам нужна информация о том, как его использовать, вы можете ввести help() в приглашение, которое оно дает вам, в котором перечислены все доступные команды, а также ссылки для документации.
Если вы действительно хотите скомпилировать его из источника кода, то вам придется загрузить исходный код, который, как говорит pim, вы можете сделать, получив файл .tar.gz с надписью «Исходный код» на странице загрузки. Но на основании того, что вы просили, у меня нет причин думать, что вам действительно нужно или чего хочет. С тем, что у вас есть, вы должны иметь возможность запускать программу; он уже скомпилирован для вас, поэтому сначала его не нужно скомпилировать.