Я обнаружил проблему с ПУТЕМ и /ect/apt/sources.list
Вы могли советовать, как разрешить его?
Поскольку я - очень новичок к кодированию, и обмен стека мог Вы комментировать и сообщать мне который части отредактировать из этого вопроса.
Я недавно начал изучать собирающиеся геномы с помощью canu
Первоначально, я начал использовать полный путь для команды для использования его т.е. ~/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu
Я пытался использовать -correct
опция, однако, не имела никакого успеха.
Я предположил, что это может произойти из-за каталога, содержащего командный файл (также содержащий несколько других командных файлов), должен был бы быть добавлен для СОЕДИНЕНИЯ КАНАЛОМ.
Поэтому я добавил:
export PATH=$PATH:/localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu
в конец ~/.bashrc
После выполнения:
$ canu –help
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list'`
Я изучил первичное размещение и следовал ответам отсюда;
sudo ln -s /etc/apt/sources.list.d/official-package-repositories.list /etc/apt/sources.list
Это не дало вывода и попытки canu –help
дал ту же ошибку как прежде.
sudo chmod -R 0644 /etc/apt/sources.list.d/
Это казалось ко всем неприятностям;
localadmin@dna-ws:~$canu --help
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/jonathonf-ubuntu-python-3_6-xenial.list'
WARNING:root:could not open file /etc/apt/sources.list.d/mirror.oxfordnanoportal.com.list'
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/xenial-dell-service.list'
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/google-chrome.list'
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/xenial-dell-matira-5-7.list'
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/nanoporetech.sources.list'
WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/xenial-dell.list'`
Я смотрел в /ect/apt/
и найденный следующим
localadmin@dna-ws:/etc/apt$ ls
apt.conf.d preferences.d sources.list~ sources.list.d sources.list.save trusted.gpg trusted.gpg~ trusted.gpg.d`
На данном этапе я думал, что сделаю несколько резервных копий, прежде чем я буду повреждать что-либо еще, это отобразило содержание sources.list.d
(Я думал, что это может быть полезным контекстом),
localadmin@dna-ws:/etc/apt$ cp -r sources.list.d ~/sources.list.d.backup
cp: cannot stat 'sources.list.d/google-chrome.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/mirror.oxfordnanoportal.com.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/nanoporetech.sources.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/mirror.oxfordnanoportal.com.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-service.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/google-chrome.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-matira-5-7.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/nanoporetech.sources.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/jonathonf-ubuntu-python-3_6-xenial.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/jonathonf-ubuntu-python-3_6-xenial.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-matira-5-7.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-service.list': Permission denied`
Мне затем удалось сделать резервное использование sudo
Править: localadmin@dna-ws:~$ type -a canu -bash: type: canu: not found
Переменная PATH
представляет собой список каталогов , содержащих исполняемые файлы , а не сами исполняемые файлы. Вы попытались добавить исполняемый файл canu
в вашу переменную PATH:
export PATH=$PATH:/localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu
, что заставит вашу систему искать каталог с именем /localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu
, в котором она затем будет искать исполняемые файлы. Поскольку такого каталога нет (canu
- файл), эта команда в основном ничего не делает. Что вы хотели сделать:
export PATH="$PATH":/home/localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin
(также обратите внимание на кавычки, они важны, если у вас есть каталог с пробелом в его имени)
Все, что вы сделали после этого, было Боюсь, это не совсем актуально. Я не понимаю ошибку, которую вы получаете, но поскольку canu
на самом деле не было в вашем PATH, ошибка root:could not open file
не имеет ничего общего с canu
. Я подозреваю, что вы испортили свой путь, и это вызывает различные проблемы.
Итак, отмените изменения, внесенные вами в /etc/sources*
, следуя советам @steeldriver , затем удалите строку, добавленную в .bashrc
, и вместо этого добавьте правую строку I показать выше. Более того, не добавляйте ничего в .bashrc
, но используйте вместо этого ~/.bash_profile
, так как это лучшее место для определения глобальных переменных.
Затем выйдите из системы, снова войдите в систему и снова запустите canu --help
. Теперь все должно работать.