ПУТЬ и проблема sources.list

Я обнаружил проблему с ПУТЕМ и /ect/apt/sources.list Вы могли советовать, как разрешить его?

Поскольку я - очень новичок к кодированию, и обмен стека мог Вы комментировать и сообщать мне который части отредактировать из этого вопроса.

Я недавно начал изучать собирающиеся геномы с помощью canu

Первоначально, я начал использовать полный путь для команды для использования его т.е. ~/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu

Я пытался использовать -correct опция, однако, не имела никакого успеха.
Я предположил, что это может произойти из-за каталога, содержащего командный файл (также содержащий несколько других командных файлов), должен был бы быть добавлен для СОЕДИНЕНИЯ КАНАЛОМ.

  • Поэтому я добавил:

    export PATH=$PATH:/localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu
    

    в конец ~/.bashrc

  • После выполнения:

    $ canu –help
    WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list'`
    
  • Я изучил первичное размещение и следовал ответам отсюда;

    1. sudo ln -s /etc/apt/sources.list.d/official-package-repositories.list /etc/apt/sources.list

      Это не дало вывода и попытки canu –help дал ту же ошибку как прежде.

    2. sudo chmod -R 0644 /etc/apt/sources.list.d/

      Это казалось ко всем неприятностям;

      localadmin@dna-ws:~$canu --help
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/jonathonf-ubuntu-python-3_6-xenial.list'
      WARNING:root:could not open file /etc/apt/sources.list.d/mirror.oxfordnanoportal.com.list'
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/xenial-dell-service.list'
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/google-chrome.list'
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/xenial-dell-matira-5-7.list'
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/nanoporetech.sources.list'
      WARNING:root:could not open file '/etc/apt/sources.list.d/xenial-dell.list'`
      

Я смотрел в /ect/apt/ и найденный следующим

localadmin@dna-ws:/etc/apt$ ls
apt.conf.d  preferences.d  sources.list~  sources.list.d  sources.list.save  trusted.gpg  trusted.gpg~  trusted.gpg.d`

На данном этапе я думал, что сделаю несколько резервных копий, прежде чем я буду повреждать что-либо еще, это отобразило содержание sources.list.d (Я думал, что это может быть полезным контекстом),

localadmin@dna-ws:/etc/apt$ cp -r sources.list.d ~/sources.list.d.backup
cp: cannot stat 'sources.list.d/google-chrome.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/mirror.oxfordnanoportal.com.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/nanoporetech.sources.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/mirror.oxfordnanoportal.com.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-service.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/google-chrome.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-matira-5-7.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/nanoporetech.sources.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/jonathonf-ubuntu-python-3_6-xenial.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/jonathonf-ubuntu-python-3_6-xenial.list.save': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-matira-5-7.list': Permission denied
cp: cannot stat 'sources.list.d/xenial-dell-service.list': Permission denied`

Мне затем удалось сделать резервное использование sudo

Править: localadmin@dna-ws:~$ type -a canu -bash: type: canu: not found

1
задан 30 April 2019 в 16:11

1 ответ

Переменная PATH представляет собой список каталогов , содержащих исполняемые файлы , а не сами исполняемые файлы. Вы попытались добавить исполняемый файл canu в вашу переменную PATH:

export PATH=$PATH:/localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu

, что заставит вашу систему искать каталог с именем /localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin/canu, в котором она затем будет искать исполняемые файлы. Поскольку такого каталога нет (canu - файл), эта команда в основном ничего не делает. Что вы хотели сделать:

export PATH="$PATH":/home/localadmin/Canu/canu/Linux-amd64/bin

(также обратите внимание на кавычки, они важны, если у вас есть каталог с пробелом в его имени)

Все, что вы сделали после этого, было Боюсь, это не совсем актуально. Я не понимаю ошибку, которую вы получаете, но поскольку canu на самом деле не было в вашем PATH, ошибка root:could not open file не имеет ничего общего с canu. Я подозреваю, что вы испортили свой путь, и это вызывает различные проблемы.

Итак, отмените изменения, внесенные вами в /etc/sources*, следуя советам @steeldriver , затем удалите строку, добавленную в .bashrc, и вместо этого добавьте правую строку I показать выше. Более того, не добавляйте ничего в .bashrc, но используйте вместо этого ~/.bash_profile, так как это лучшее место для определения глобальных переменных.

Затем выйдите из системы, снова войдите в систему и снова запустите canu --help. Теперь все должно работать.

0
ответ дан 30 April 2019 в 16:11

Другие вопросы по тегам:

Похожие вопросы: