Репозитории Ubuntu 16.04 и 18.04: проблема синхронизации

У меня есть репозитории Ubuntu 12.04, 14.04, синхронизированные на сервере, который используется как внутренний репозиторий. Это было настроено бывшим сотрудником нашей компании. Теперь мы создали две разные головные станции для Ubuntu 16.04 и 18.04 соответственно и пытаемся синхронизировать данные с существующим репозиторием, но проблема, с которой я сталкиваюсь, - это то, что Ubuntu 12.04 и 14.04 имеют одинаковую структуру каталогов, что позволяет мне чувствовать, что данные будут перезаписаны, когда Я пытаюсь синхронизировать данные с 16.04 и 18.04. Может кто-нибудь пролить свет на то, как мне этого добиться? Я хочу использовать rsync для синхронизации данных и пула / это главная проблема, так как структура каталогов очень похожа для всех версий.

Цель: синхронизировать репо 16.04 и 18.04 из головного конца в существующий репозиторий.